Pirmą kartą Alytus kaip miestelis minimas 1524 m. Jono Zabžezinskio rašte, kuriuo jis turtais aprūpina steigiamą Alytaus bažnyčią. Būtent tais metais ji ir buvo pastatyta. Pirmoji medinė bažnyčia buvo vadinama Šv. Jono Krikštytojo, Panelės Marijos dangun ėmimo ir Šv. Mikalojaus vardais. Jai sudegus, 1818 m. šalia senosios bažnyčios iškilo mūriniai klasicizmo stiliaus maldos namai. Pagerbiant statybų iniciatorių kleboną Liudviką Kaminską, bažnyčia buvo pašventinta Šv. Liudviko vardu. Šiandien tai pats seniausias pastatas Alytaus mieste. Bažnyčios varpinėje skamba 1669 m. nulietas varpas, išlikęs XIX a. tapytas Šv. Liudviko paveikslas. Bažnyčia įtraukata į Nekilnojamų kultūros vertybių registrą, kaip dalis Alytaus senojo miesto vietos.
Dėl apsilankymo bažnyčioje ne Mišių metu reikia tartis su klebonu žemiau nurodytais telefono numeriu.
