Garsiausias Alytaus krašte Punios piliakalnis, dar vadinamas Margio kalnu išdidžiai dunkso Nemuno ir Punelės santakoje ir yra vienas iš didžiausių ir gražiausių Lietuvoje. Nuo piliakalnio viršūnės atsiveria viena iš gražiausių šalies panoramų: plati Nemuno juosta, priešais ošia Punios šilas. Prie piliakalnio pastatytas akmuo su iškaltomis Maironio eilėmis apie legendinį kunigaikštį Margirį: „Tai kapas Margio milžinų!“. Pasakojama, jog ant Punios piliakalnio stovėjo kunigaikščio Margirio pilis, vadinta Pilėnais. 1336 m. čia vyko garsusis Pilėnų mūšis. Pilies gynėjai ir gyventojai nutarė verčiau žūti liepsnose nei pasiduoti į nelaisvę. Kryžiuočiams pavyko pralaužti pilies užtvaras. Apgultieji lietuviai, vadovaujami Margirio, matė, kad negalės apsiginti, ryžosi nepaprastam žygiui: pilies viduje sukūrė didelį laužą, į jį sumetė visą savo turtą, po to laužo ugniai atidavė moteris su vaikais ir galiausiai patys pasilaidojo liepsnose. Kai džiūgaudami kryžiuočiai įsiveržė į pilies vidų, norėdami grobti daiktus ir žmones, per dūmus išvydo tik seną vaidilutę, žengiančią į liepsnojantį laužą.
Kruopščiai ištyrę piliakalnį archeologai nustatė, kad XIII-XIV a. ant piliakalnio stovėjo vėliau sudeginta pilis. XV a. jos vietoje pastatyta nauja pilis, kuri XVI a. vėl sudegė. To paties amžiaus pabaigoje čia pastatyti nauji dideli rūmai. . Piliakalnį surasti labai lengva – nuo miestelio bažnyčios reikia paėjėti 200 metrų į vakarus.
Piliakalnis datuojamas XIV a. pabaiga – XV a. pradžia.
Nustatyta, kad piliakalnio vietoje buvo gyvenama jau akmens amžiuje, gyvenvietė čia buvo ir I tūkst. pr. Kr. (rasta lygios keramikos). Pylimas supiltas per 3 kartus. Pirmasis pylimas buvo 20 m pločio ir tik 2 m aukščio, suplūktas iš molio su šlyno priemaiša. Jo plokščiame viršuje stovėjo ąžuolinis gynybinis statinys, kuris sudegė per gaisrą. Po jo pylimas paaukštintas iki 3,5 m supilant smėlio–molio sluoksnius, ant jo vėl pastatyta medinė gynybinė siena, kuri taip pat sudegė. Trečiame pylimo rekonstrukcijos etape jis paaukštintas dar per 1,7 m užpilant molio sluoksnį, kurį tvirtino taisyklingais keturkampiais sudėti ąžuoliniai tašai. Pylimo gale šią konstrukciją dar tvirtino ir vertikaliai sukasti stulpai. Aikštelėje stovėta medinių pastatų, kurių aptiktos sudegusios liekanos. Jų aplinkoje rasta žiestos keramikos, geležinis pentinas. Daugumą radinių sudaro dvaro laikotarpio statybinės bei interjero detalės, buityje naudoti dirbiniai.
Į Rytus nuo piliakalnio 3 ha plote yra papėdės gyvenvietė (tyrinėta 1973 m.) su apardytu kultūriniu sluoksniu.
