1578 m. Naugarduko vaivada Povilas Sapiega, kuriam priklausė dideli žemės ir girių plotai, savo dvare Sapiegiškyje, vėliau pavadintame Zapyškiu, pastatė bažnyčią. Tai vienas seniausių mūrinių statinių Lietuvoje, unikalus, vietinių statybininkų išmūrytas, XVI a. antros pusės gotikinės architektūros statinys.
Nuo XX a. pradžios ši bažnyčia religinėms reikšmėms nenaudojama. 2002 m. jai suteiktas kultūros paminklo statusas. Pastaraisiais metais bažnyčia tapo vienu iš kultūrinio ir muzikinio gyvenimo centrų.
